ČOV slúžia k čisteniu splaškových odpadových vôd z rodinných domov, skupín rodinných domov, bytových domov ako aj k čisteniu splaškových odpadových vôd z iných objektov (hotely, reštaurácie, školy, škôlky, výrobné haly a prevádzky, atď.) pred ich vypúšťaním do vodných tokov, dažďovej kanalizácie, prípadne do podzemných vôd vsakovaním.

Je zakázané vypúšťať do odpadových vôd toxické látky, farby, laky, kyseliny a lúhy vo veľkej koncentrácii, väčšie množstvo čistiacich prostriedkov s obsahom dezinfekčných činidiel, napr. chlóru (t.j. škodlivé, obzvlášť škodlivé a nebezpečné látky v zmysle zákona č. 364/2004 Z.z. o vodách). Nie je možné napojiť do čistiarne odpadových vôd dažďové vody, vody z vypúšťania bazénov a chladiace vody.

Pri vzniku veľkého objemu teplých vôd zo zdroja je treba zabezpečiť, aby teplota pritekajúcich odpadových vôd nebola vyššia ako 35oC.  Ak je súčasťou zdroja kuchyňa pre hromadné stravovanie, je treba pred čistiareň predradiť vhodne dimenzovaný lapač tukov. Použité rastlinné oleje ako aj kuchynský odpad nepatria do odpadových vôd pritekajúcich na ČOV. Čistiarne odpadových vôd sú prispôsobené kolísaniu množstva a kvality odpadových vôd, ale pri veľmi veľkom kolísaní zaťaženia čistiarne (napr. reštaurácie alebo hotely s výraznou sezónnou prevádzkou) sa doporučuje zaradenie vyrovnávacej nádrže pred biologickým čistením odpadových vôd.